柳树AP2/ERF基因家族全基因组鉴定和表达分析
南京林业大学林学院南方杨树工程技术研究中心江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室
- 摘 要：
- APETALA2/ethylene-responsive factor （AP2/ERF）转录因子在调控植物的生长和发育、应生物胁迫和非生物胁迫等方面扮演着至关重要的角色。该文对簸箕柳基因组中AP2/ERF基因进行查找,分析了该基因家族的保守结构域、基因结构、启动子区域顺式作用元件、基因在染色体上的分布及其在干旱胁迫下的差异表达。分析结果发现,簸箕柳中共含有208个AP2/ERF基因。根据系统发育树聚类分析的结果,这些基因可分为AP2,RAV,ERF和Soloist 4个亚类;基因结构分析表明,AP2和Soloist基因内含子较多,而多数ERF和所有RAV基因都无内含子;对启动子区域顺式作用元件分析,发现簸箕柳AP2/ERF家族基因启动子区域富含响应非生物胁迫的相关元件;对基因在染色体上分布分析表明,簸箕柳AP2/ERF基因在不同染色体上分布不均匀,其中42个基因的扩张与串联复制有关。利用蒿柳杂交子代的干旱胁迫和对照样品的转录组序列进行了差异表达分析,发现了5个AP2/ERF基因在干旱胁迫下显著上调表达。分析结果为深入研究柳树AP2/ERF基因家族的功能提供了重要参考。
关键词：簸箕柳;AP2/ERF基因家族;分子进化;干旱胁迫;基因表达;
相似文章
-
一种基于图像处理技术的植物形态表型参数获取方法 [李杨先, 张慧春, 杨旸] 林业工程学报 2020 (6) 128-136
-
基于YOLO v5的植物叶绿素含量估测与可视化技术 [张慧春, 张萌, 边黎明, 葛玉峰, 李小平] 农业机械学报 2022,53 (4) 313-321
-
基于比较基因组学的簸箕柳DNA模体预测 [徐逸卿, 毕长伟, 张福全, 杜思源, 蒋安纳, 业宁] 北方园艺 2018 (6) 67-73
-
簸箕柳材性性状株内纵向变异的趋势分析 [国增超, 侯静, 郭炜, 尹佟明, 陈赢男] 南京林业大学学报(自然科学版) 2014 (5) 153-156
-
簸箕柳F_1杂交群体材性性状表型变异的研究 [国增超, 郭炜, 侯静, 尹佟明, 陈赢男] 中南林业科技大学学报 2014,34 (2) 62-65+71
-
基于SSR和SRAP标记的簸箕柳×绵毛柳遗传框架图 [刘恩英, 王源秀, 徐立安, 黄敏仁] 林业科学 2011,47 (5) 23-30
-
簸箕柳SPL基因家族分析 [冯凯, 侯静, 戴晓港, 李淑娴] 南京林业大学学报(自然科学版) 2017,41 (2) 55-62
-
簸箕柳种内杂交F_1群体株高生长曲线的拟合 [马秋月, 陈赢男, 渠纪腾, 戴晓港, 尹佟明] 南京林业大学学报(自然科学版) 2013,37 (4) 13-16
-
杞柳和簸箕柳候选杂交亲本SSR指纹分析 [王源秀, 徐立安, 黄敏仁] 南京林业大学学报(自然科学版) 2008,32 (2) 1-5
-
簸箕柳组培再生体系的建立 [孙永莲, 戴晓港, 李小平, 陈赢男] 南京林业大学学报(自然科学版) 2019 (2) 31-37
