莜麦AnHRGP基因的生物信息学分析
山西省农业科学院高寒区作物研究所;山西大同大学应用生物技术研究所
- 摘 要：
- 以AnHRGP基因编码的富含羟基脯氨酸糖蛋白(AnHRGP)为研究对象,用生物信息学方法对该蛋白质的一级结构及理化性质、跨膜区、亲疏水性、二级结构及功能位点、三级结构特点等进行分析。应用ExPASy在线分析AnHRGP的氨基酸组成及理化性质,通过SOMPA在线预测AnHRGP的二级结构,应用TMHMM Server v. 2.0对AnHRGP进行跨膜结构分析,采用Phyre~2对蛋白质的三级结构进行建模。结果表明,该蛋白基因的开放阅读框(openreadingframe,简称ORF)可以编码202个氨基酸,是一种无信号肽、无跨膜结构、无卷曲螺旋结构、定位于叶绿体和线粒体基质空间的不溶性疏水蛋白。无规则卷曲为AnHRGP中成分最多的二级结构。通过Phyre~2工具模拟出了该蛋白质的三级结构模型。
关键词：莜麦;富含羟基脯氨酸糖蛋白;生物信息学方法;基因序列;氨基酸序列;微观分析;立体结构;基因功能
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