一株虹鳟源嗜冷黄杆菌CH06的基因组进化及毒力相关基因分析
中国水产科学研究院黑龙江水产研究所
- 摘 要：
- 为了深入揭示我国鱼类病原菌嗜冷黄杆菌的基因组进化及其致病机制,本实验对嗜冷黄杆菌毒力菌株CH06进行全基因组测序,比较基因组分析并挖掘其毒力相关基因.基因组测序结果显示,CH06的基因组大小为2836981 bp,GC含量为32.56%,注释出2437个编码基因.通过平均核苷酸一致性(ANI)分析结果显示,CH06与12株嗜冷黄杆菌的ANI值均高于99%,菌株CH06应属于嗜冷黄杆菌分支.基因组序列分析发现,CH06含有5个插入序列、4个基因岛和3个前噬菌体,揭示这些可移动遗传元件推动了CH06的基因组进化.系统进化树和基因组共线性分析发现,CH06与菌株CSF259-93和FPG101亲缘关系较近.分泌系统分析显示,CH06中存在Ⅰ型分泌系统(type I secretion system,T1SS)和Ⅸ型分泌系统(T9SS).通过蛋白结构域特征分析发现,CH06包含56个T9SS效应蛋白和29个双组分系统元件,表明嗜冷黄杆菌可能存在复杂的致病机制和调控机制.本研究对CH06的基因组进化以及毒力相关基因进行分析,为我国鱼类病原嗜冷黄杆菌的进化、多样性及致病机制研究提供参考.
关键词：虹鳟;嗜冷黄杆菌;全基因组测序;进化;毒力相关基因
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