猎蝽科昆虫线粒体基因组的比较研究
忻州师范学院化学系
- 摘 要：
- 线粒体基因组是系统发育常用的分子标记,本研究旨在对猎蝽科昆虫的线粒体基因组进行比较研究,着重分析基因重排、碱基组成、密码子使用偏好性等特征,并构建基于13个蛋白编码基因的系统发育关系.在GenBank数据库下载猎蝽科11亚科30属代表物种的线粒体基因组序列,通过Geneious 8.0.4抽提各编码基因的序列.利用MEGA 7.0统计碱基组成、氨基酸和核苷酸序列信息位点、起始密码子、终止密码子、相对密码子使用频率(RSCU)等序列基本信息.另外,利用DnaSP 6.0计算蛋白编码基因的非同义替换率(Ka)和同义替换率(Ks),并通过Ka/Ks值比较基因的核苷酸进化速率.通过jModelTest选择进化模型,在MrBayes 3.2.2软件中构建基于贝叶斯法(BI)的系统发育树.结果表明:猎蝽科线粒体基因组均呈共线性结构,没有发现大面积的基因重排现象,只有部分序列中rrnS和trnT基因编码方向与原始序列编码方向相反,trnR和cytb基因出现多拷贝的现象.猎蝽科线粒体最常使用ATN起始密码子和TAA终止密码子.BI系统发育树对猎蝽科各亚科之间的关系进行了一定的解析,光猎蝽亚科(Ectrichodiinae)和猎蝽亚科(Reduviinae)为并系群,真猎蝽亚科(Harpactorinae)和锥猎蝽亚科(Triatominae)为单系群.本研究为猎蝽科昆虫的线粒体基因组进行了比较分析,为后续研究该科系统发生关系奠定了科学基础.
关键词：猎蝽科;线粒体基因组;比较基因组学;系统发育;分子标记;基因重排;碱基组成;密码子使用偏好性
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