广西新型鸭呼肠孤病毒流行毒株GX01-2020全基因组分子特征分析

谢守玉;刘惠心;周媛;熊陈勇;施开创;屈素洁;苏文广;温新瑞;李媛;李春英;邓桂潮;尹彦文

广西大学动物科学技术学院;北海市动物疫病预防控制中心;广西动物疫病预防控制中心;钦州市动物疫病预防控制中心;浦北县动物疫病预防控制中心

摘  要：

为了解广西新型鸭呼肠孤病毒（novel duck reovirus, NDRV）流行毒株的分子遗传特征，采用RT-PCR分段进行全基因组序列扩增，经克隆、测序、拼接后，获得1株NDRV全基因组序列（命名为GX01-2020株）。结果显示，GX01-2020株基因组全长23 353 bp,分为10个片段，大小从1 194 bp（S4）至3 958 bp（L1）不等。同源性分析显示，GX01-2020株10个片段核苷酸同源性与NDRV代表毒株最高，为86.2%～99.4%,其中μB片段核苷酸同源性最低的毒株为番鸭呼肠孤病毒（Muscovy duck reovirus, MDRV）,其他片段则为鸡源禽呼肠孤病毒（chicken-origin reovirus, CRV）,说明不同片段来源祖先不完全相同。遗传进化分析显示，10个片段遗传进化树中，L2、L3片段中MDRV参考毒株及σA片段中NDRV参考毒株均形成两个进化分支，与其他片段不同，说明不同片段与参考毒株的遗传关系不尽相同。重组分析显示，GX01-2020株的L1片段存在重组信号，重组亲本毒株分别为北京MDRV＿J18株和福建DRV＿NP03株。本研究丰富了NDRV基因库相关信息，同时为广西地区NDRV的分子流行病学研究和有效防制措施制订提供了一定的参考。

关键词：新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）;全基因组测序;遗传进化;