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Position: Home > Articles > Isolation of Genomic DNA and Optimization of the SRAP-PCR Reaction System by Orthogonal Design in Manglietia patungensis Hubei Agricultural Sciences 2008,47 (9) 11-15

巴东木莲DNA的提取及SRAP-PCR反应体系的正交优化

作  者：
万玉华;余璐璐;李晓玲;陈发菊;梁宏伟;何正权
单  位：
三峡大学化学与生命科学学院生物技术研究中心/天然产物研究与利用湖北省重点实验室
关键词：
巴东木莲;DNA提取;SRAP-PCR反应体系;正交设计;优化
摘  要：
研究确定了提取巴东木莲基因组DNA的方法,采用正交试验设计法对影响SRAP-PCR反应的引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量、Mg2+和dNTPs浓度及PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了比较、优化,同时对DNA模板浓度进行了筛选。结果表明,Mg2+、dNTPs、Taq酶及引物的不同水平均对PCR反应结果有显著的影响。建立了巴东木莲20μL SRAP-PCR的反应体系为1×buffer、Mg2+浓度为2.0 mmol·L-1、dNTPs浓度为0.25 mmol·L-1、引物浓度为0.45μmol·L-1、Taq酶为0.5 U和模板DNA 40ng。适宜的扩增程序为94℃预变性1 min,94℃变性1 min,33℃复性1 min,72℃延伸1 min,10个循环;94℃变性1 min,55℃复性1 min,72℃延伸1 min,30个循环;最后72℃延伸5min。试验表明,该体系重复性好、稳定性强。
译  名：
Isolation of Genomic DNA and Optimization of the SRAP-PCR Reaction System by Orthogonal Design in Manglietia patungensis
作  者：
WAN Yu-hua,YU Lu-lu,LI Xiao-ling,CHEN Fa-ju,LIANG Hong-wei,HE Zheng-quan(College of Chemistry and Life Science,Biotechnology Research Center,Hubei Provincial Key Laboratory of Natural Products Research and Development,Three Gorges University,Yichang 443002,Hubei,China)
关键词：
Manglietia patungensis;DNA isolation;SRAP-PCR reaction system;orthogonal design;optimization
摘  要：
An efficient method for isolation of high quality genomic DNA from Manglietia patungensis was determined.Some factors involving primer,Taq DNA polymerase,Mg2+,dNTPs,annealing temperature and cycle times affecting the SRAP-PCR researching system were optimized.And the concentration of genomic DNA templates were filtrated at the same time.The results showed that Mg2+,dNTPs,Taq polymerase and primer in different levels had the marked influence on the result of PCR.The optimal PCR reaction system for M.patungnesis was 2 μL 10×buffer,2.0mmol·L-1 Mg2+,0.25mol·L-1 dNTPs,0.45 μmol·L-1 primers,0.5U Taq polymerase and 40ng template DNA in a total volume of 20μL SRAP-PCR reaction system.The most suitable protocol was initially denaturing at 94℃ for 1 min,then the first ten cycles were run at 94°C,for 1 min,33°C for 1 min,and 72°C for 1 min,for denaturing,annealing and extension,respectively.In the following 30 cycles the annealing temperature was raised to 55°C,with a final elongation step of 5 min at 72°C.The new established SRAP-PCR system of M.patungensis was with good repetition and stablility.

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