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兔病毒性出血症病毒YM株衣壳蛋白基因的克隆和中国分离株的遗传变异分析

作者：

张祎;孙凯

单位：

哈药集团生物疫苗有限公司

关键词：

RHDV;RHDVa;VP60;系统进化树;序列分析

摘要：

应用RT-PCR的方法从某兔场病死兔肝脏组织中分离到RHDV,命名YM株。克隆出衣壳蛋白VP60并测序,测序结果显示VP60全长1 740 bp,编码579个氨基酸。从Gen Bank下载包括EBHSV、RCV、RHDV共45条序列,运用生物信息学软件分析,构建系统进化树和氨基酸同源性比较,世界不同地区RHDV分离株氨基酸保守性较高,可达94.1%~99.7%,EBHSV与RHDV氨基酸同源性约为75%,而RCV与RHDV的同源性>90%。系统进化树分析显示,所选的RHDV可分为两个基因群,一组是包括WX-84的经典RHDV群,另一组是抗原变异RHDVa群,包括了除WX/84其余所有的中国分离株。总的来说RHDVa已经替代经典的RHDV在中国流行。

译名：

Cloning and Sequence Analyzing of the Capsid Protein Gene of Rabbit Hemorrhagic Disease Virus Strain YM

作者：

ZHANG Yi;SUN Kai;Biological Vaccine of Harbin Pharmaceutical Group Co.,Ltd.;

关键词：

RHDV;;RHDVa;;VP60;;phylogenetic tree;;sequence analysis

摘要：

The rabbit hemorrhagic disease virus was obtained in the liver sample from a dead rabbit and namedstrain YM.The sequence analysis showed that the nucleotide sequence of VP60 gene of YM was 1 740 bp long and en-coded a protein of 579 amino acids.We downloaded 45 published RHDV,RCV,RHDV VP60 gene isolated sequencesfrom Gen Bank and then constructed phylogenetic tree and drawn homology and divergence form by bioinformatics soft-ware.Sequence comparison with other published RHDV VP60 genes showed that the homology of the amino acids wasbetween 94.1% and 99.7%.The result showed that the RHDV VP60 gene was highly conserved.The amino acids ho-mology between the RHDV and EBHSV groups was about 75%,but the rate between the RHDV and RCV groups wasabove 90%.It showed that RHDV and RCV were more closely related to each other than any other calicivirus.Thesestrains could be divided into 2 gene groups,one group was a classic RHDV including the strain WX-84,the othergroup was a antigenic variation RHDVa and it included all the Chinese isolates except WX-84.Overall RHDVa hadreplaced the classic RHDV which popular in China.

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