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Position: Home > Articles > 基于转录组的苋菜LBD基因家族鉴定及蓝光下的表达分析 Journal of China Agricultural University 2021 (10) 66-80

基于转录组的苋菜LBD基因家族鉴定及蓝光下的表达分析

作  者:
王乐;陈何;肖昉;郑友峰;黄瑞丹;刘生财
单  位:
关键词:
苋菜;LBD;表达分析;生物信息学分析;
摘  要:
为了解苋菜LBD基因家族,本研究利用转录组数据筛选和鉴定苋菜LBD基因家族成员,并命名为AtrLBD。结果表明:1)从‘全红’苋菜转录组中共鉴定得到16个AtrLBD基因,均为不稳定蛋白,氨基酸长度在91~351aa,相对分子质量为9.396~38.250ku;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主;亚细胞定位预测,AtrLBD定位在细胞核、叶绿体和线粒体;MEME分析结果表明,16个AtrLBD共有10个保守氨基酸序列;2)系统进化树显示,16个AtrLBD与拟南芥LBD蛋白分为第一类(ClassⅠ)和第二类(ClassⅡ)2大类,细分为Class Ia、Ib、Ic、Id、Ie和Class IIa、IIb等7个亚类;miRNA预测结果显示,有4个AtrLBD是miRNA靶基因;3)qRT-PCR结果显示,除AtrLBD4、AtrLBD5、AtrLBD10和AtrLBD16以外,AtrLBD均受到蓝光的诱导表达。上述结果为深入研究苋菜LBD基因家族的功能及进化分析奠定了基础。

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