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基于RAD-seq简化基因组测序的大围子猪群体遗传学分析

作  者:
崔清明;刘奇;彭英林;陈晨;胡雄贵;朱吉;任慧波;邓缘;刘莹莹;李华丽;左剑波;喻国均
单  位:
湖南天府生态农业有限公司;湖南省畜牧兽医研究所
关键词:
RAD-seq;大围子猪;群体遗传结构;遗传多样性;
摘  要:
为了在基因组水平上调查大围子猪群体遗传结构及遗传多样性,本研究利用RAD-seq简化基因组测序技术鉴定480份大围子猪样本中SNP位点的分布,计算近交系数、观测杂合度、两两样本间遗传相关系数,构建系统发育树,进行主成分分析,解析大围子猪的遗传结构及遗传多样性。结果显示:在大围子猪上鉴定出高质量的SNP位点387 935个,1号染色体上SNP数量最多(27 906个),Y染色体上SNP数量最少(1 143个);大围子猪群体中标记杂合度在0.3~0.4之间,且群体平均观测杂合度(0.201 4)低于平均期望杂合度(0.213 0),群体近交系数为0.029 84;大围子猪群体中除少许样本未出现聚类现象外,可以明显分成13个类群,且群体中没有出现显著的群体分离现象。综上所述,大围子猪群体血统纯正,具有丰富的遗传多样性;群体内近交程度较低,且群体内遗传变异高于品种间的变异。本研究为下一步大围子猪的保种和选育提供了一定的参考依据。

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