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基于转录组的大头金蝇密码子的偏好性分析

作  者:
张玉波;周正湘;吴小玉;张斌
单  位:
安顺学院农学院;内蒙古师范大学生命科学与技术学院;贵州省昆虫信息系统与资源开发利用重点实验室
关键词:
大头金蝇;转录组;密码子偏好性;同义密码子
摘  要:
使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10 923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81%)远大于GC含量(38.19%);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T,碱基G的使用频率大于碱基C;中性绘图结果显示,该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响;有效密码子数(effective number of codons,简称ENC)在25.17~61.00个之间,均值为43.16个;密码子适应指数(codon adaptation index,简称CAI)在0.099~0.554之间,均值为0.215 8。结果共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,简称RSCU)>1的密码子和28个最优密码子。
译  名:
Analysis of codon usage preference of Chrysomya megacephala based on transcriptome
作  者:
Zhang Yubo;

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