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当前位置: 首页 > 文章 > 饥饿胁迫下黑腹果蝇长链非编码RNA的差异表达和调控网络分析 应用昆虫学报 2022,59 (1) 109-123
Position: Home > Articles > The differential expression of long non-coding RNAs and their associated regulation networks in Drosophila melanogaster subject to starvation stress Chinese Journal of Applied Entomology 2022,59 (1) 109-123

饥饿胁迫下黑腹果蝇长链非编码RNA的差异表达和调控网络分析

作  者：
高丽斌;李美珍;贺康;李飞
单  位：
浙江大学昆虫科学研究所
关键词：
黑腹果蝇;饥饿胁迫;lncRNA;WGCNA
摘  要：
[目的]饥饿是生命体普遍经历的一种胁迫,本文旨在探究饥饿胁迫下黑腹果蝇Drosophila melanogaster长链非编码RNA(lncRNA)的表达变化及其参与的调控网络,揭示lncRNA在饥饿应激反应中的潜在功能.[方法]下载NCBI SRA数据库中黑腹果蝇非生物胁迫相关的RNA-seq文库,进行转录组组装,预测lncRNA基因.利用DEseq2软件分析不同时间饥饿胁迫下lncRNA的差异表达,利用WGCNA共表达分析发现与饥饿胁迫相关的基因模块,构建差异表达lncRNA与蛋白编码基因的调控网路,用clusterProfiler进行GO功能注释和KEGG通路富集分析.[结果]从34个果蝇非生物胁迫转录组中共鉴定得到3 612个lncRNA.与正常喂食组相比,在4、12、16和24 h饥饿胁迫下,分别有260、28、200和26个lncRNA表达上调,133、28、148和25个lncRNA表达下调(以下简称为饥饿相关lncRNA).这些lncRNA分别与790、2950、725、2961个蛋白编码基因表达相关.GO和KEGG富集分析显示,这些蛋白编码基因分别富集于吞噬体和溶酶体通路、糖代谢通路、长寿调节途径、化学刺激和味觉感受及细胞增殖和凋亡等通路中.在饥饿胁迫4、12、16和24 h下,分别有66、1、23和3个lncRNA基因处于调控网络中的核心(hub gene)节点位置(|基因显著性(GS)|>0.4,|模块成员(MM)|>0.8).这些核心RNA可能具有更为关键的调控作用.[结论]LncRNA参与了果蝇的饥饿应激反应,并与饥饿处理的时间有关.在较短时间饥饿处理下,饥饿相关lncRNA主要参与调控自噬及能量代谢等过程,以保证能量供应;在较长时间饥饿处理下,饥饿相关lncRNA则主要参与觅食、细胞增殖及凋亡以及长寿调节途径等.
译  名：
The differential expression of long non-coding RNAs and their associated regulation networks in Drosophila melanogaster subject to starvation stress

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