农业防治马铃薯黑痣病的研究已经取得了一些成果。除了选择无病的种薯进行播种外，还有其他方法可以应用于黑痣病防治。其中包含轮作倒茬、科学耕作制度和合理的施肥等措施^[50]。研究表明，由于立枯丝核菌可以寄生在枯枝烂叶中，因此在收获时应避免将大量可寄生的其他作物和植物的残留物留在土壤中，如牧草、药用植物等。此外，机械收获未成熟的马铃薯，并将块茎重新放回土壤中稍作后熟，再在2～4周后进行收获，或者在马铃薯还未完全成熟时进行绿收获，都可以降低马铃薯染病的概率^[4,51]。

目前，马铃薯生产中普遍存在连茬或不合理轮作现象，这会导致土壤中有害微生物数量增多，土壤养分比例失衡，从而引起作物生长状况变差、产量下降和自毒物质积累等连作障碍问题^[52-53]。连作障碍的马铃薯会导致植株营养器官发育不良，植株矮小，并且土传病害发生率显著增加，如枯萎病、黑痣病、疮痂病等^[54]。因此，轮作和合理施肥可以改善这种情况，提高马铃薯土壤中的有机质、速效养分、全量养分及马铃薯的产量^[55]。仲彩萍等^[56]总结出了一种名为花椰菜−马铃薯−青豆−当归的轮作模式，研究表明，马铃薯黑痣病发病率＜8%。 WANG H L等^[57]通过马铃薯−玉米轮作与马铃薯连作和玉米连坐对比发现，马铃薯和玉米轮作维持了土壤水分平衡，缓解了玉米连作对深层土壤水分的过度消耗，减轻了马铃薯连作对土壤生产力的下降。张智芳等^[58]探究了栽培过程中芽长、播期和覆土厚度对土传病害黑痣病对马铃薯产量的影响，结果表明，马铃薯黑痣病病情指数＜45%，最优栽培方案为播期选择在5月3—8日、芽长维持0.26～0.72 cm、覆土厚度14.2～19.6 cm；为了减少马铃薯幼苗受到立枯丝核菌危害的程度，应该在低温高湿环境下适时晚播，覆盖地膜，并选择高垄、易排涝的地块以增加土壤温度并降低湿度，从而在一定程度上减轻立枯丝核菌对马铃薯幼苗的危害。