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OrchidBase 3.0:一个兰花基因功能和基因组进化研究的数据库

作  者：
蔡文杰;付志雄;萧郁芸;吴宛霖;章迪杨;兰思仁;刘仲健;陈虹桦
单  位：
福建农林大学兰科植物保护与利用国家林业与草原局重点实验室;台湾成功大学热带植物研究所;台湾成功大学兰花研究与发展中心
关键词：
兰花;OrchidBase;转录组;全基因组;小兰屿蝴蝶兰;RPKM
摘  要：
兰科为被子植物的最大科,兰科植物是经济价值非常高的世界性观赏植物,其基因组学和转录组学数据可为进一步推动兰花育种和研究提供帮助.本研究团队在建立的OrchidBase 1.0、2.0数据库的基础上,利用小兰屿蝴蝶兰的全基因组数据建立了基于网页版的OrchidBase 3.0数据库.OrchidBase 3.0数据库包含了小兰屿蝴蝶兰基因组拼接支架序列的信息以及基因注释、基因定位、基因结构、KEGG途径和BLAST搜索等内容;此外,该数据库也提供了小兰屿蝴蝶兰的基因序列和每千碱基读数每百万映射读数(RPKM).OrchidBase 3.0数据库的在线资源可以通过网页浏览、文本和BLAST搜索获取,搜索结果会显示在网站上并可供下载,用户可通过该数据库下载小兰屿蝴蝶兰的基因组拼接支架序列及预测的基因和蛋白质序列.http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw为OrchidBase3.0数据库的免费网站链接.
译  名：
OrchidBase 3.0:a resource for studying gene function and genome evolution in orchids
作  者：
TSAI Wen-chieh;FU Chih-hsiung;HSIAO Yu-yun;WU Wanlin;ZHANG Diyang;LAN Siren;LIU Zhongjian;CHEN Hong-hwa;Institute of Tropical Plant Sciences, Cheng Kung University;Orchid Research and Development Center, Cheng Kung University;Department of Life Sciences, Cheng Kung University;Key Laboratory of National Forestry and Grassland Administration for Orchid Conservation and Utilization, Fujian Agriculture and Forestry University;College of Landscape Architecture,Fujian Agriculture and Forestry University;
关键词：
orchid;;OrchidBase;;transcriptomic sequences;;whole-genome sequences;;Phalaenopsis equestris;;reads per kilobase per million
摘  要：
Being the largest family among angiosperms and of great ornamental value worldwide, orchid genomic and transcriptomic information will assist the breading and research on other aspects of orchid. On the basis of established databases of OrchidBase 1.0 and OrchidBase 2.0, we developed web-based OrchidBase 3.0 using whole genome sequences of Phalaenopsis equestris.OrchidBase 3.0 offers information on P.equestris assembled scaffold sequences, gene annotation, gene location, gene structure, KEGG pathways and BLAST-based search function. In addition, gene sequences along with reads per kilobase per million(RPKM) mapped reads information are provided. These resources can be accessed by browsing, texting or using BLAST. The results are displayed on the website and downloadable. Users can also download the assembled scaffold sequences and predicted gene and protein sequences of P.equestris. OrchidBase 3.0 is available on http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw for free.

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