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新版本鸡基因组GGswu1的评价与应用

作  者:
寇文艳;王菲;姜雨
单  位:
西北农林科技大学动物科技学院
关键词:
鸡;参考基因组;基因;遗传变异
摘  要:
鸡基因组的完整性和准确性对于脊椎动物进化研究以及鸟类生物学特性的理解具有重要意义。同时,它在家禽的遗传机制解析和遗传育种改良方面也发挥着至关重要的作用。近期公布了接近完整的鸡基因组GGswu1,但以此基因组为参考的遗传变异研究尚未广泛开展。本研究旨在对GGswu1,以及现行的鸡参考基因组GRCg7b的差异和优势进行评估。基于所收集的60份公开可用的鸡全基因组重测序数据和103份鸡转录组数据,对两个基因组在组装质量、比对率、SNPs检出能力以及基因组装的完整性等方面进行了全面的评估与比较。结果表明,与GRCg7b相比,GGswu1在组装质量上实现了显著提升,基因组装的完整性也得到了一定改善,显示出在遗传变异解析方面的较大潜力。这些发现为更精准地理解这两个基因组组装版本之间的差异和优势提供了帮助,可为未来鸡基因组的功能性研究和家禽遗传资源的深入挖掘提供一定参考。

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