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Molecular Plant Breeding
2022,20
(3)
887-894
薏苡基因组SSR标记开发与应用
作 者：
杜磊;蒙秋伊;尚昆;李秀诗;杨玲玲;付瑜华
单 位：
贵州省农业科学院;贵州大学农学院
关键词：
薏苡(Coix lacryma-jobi);全基因组序列;SSR;分子标记开发
摘 要：
为开发高效的薏苡分子标记,加速薏苡种质资源评价和分子育种进程,本研究以贵州地方品种'小白壳'全基因组序列为基础,在薏苡基因组序列上识别出7 872 192个SSR位点,平均0.2 kb出现一个SSR位点.其中,单核苷酸为主要重复类型,占总SSR的98.42%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的0.76%和0.74%.6种核苷酸基元的重复次数主要在5~6次,所占比例分别为74.27%和15.17%.以三核苷酸重复基元为对象,随机选择均匀分布在薏苡基因组的200个SSR位点,利用毛细管电泳技术在9个不同类型薏苡材料中对SSR标记的有效性进行检测.结果表明,173对引物有扩增产物,47对引物能够获得清晰的目的条带且具有多态性,有效引物率为23.5%.每对引物平均等位基因数为3.3,PIC值为0.20~0.84,平均为0.60.本研究结果表明薏苡全基因组SSR标记数量丰富,类型多样,开发的具有多态性的标记为薏苡种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种提供了有力工具.
译 名：
Development and Application of Genomic SSR Markers in Coix lacryma-jobi L.
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