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拟环纹豹蛛转录组数据SSR序列特征分析

作  者:
刘靖;魏俞虹;肖榕
单  位:
贵州大学贵州山地农业病虫害重点实验室/昆虫研究所
关键词:
拟环纹豹蛛;转录组;SSR;重复基元;
摘  要:
拟环纹豹蛛Pardosa pseudoannulata是稻田害虫重要的自然天敌,在绿色防控中有重要作用。本研究基于拟环纹豹蛛转录组数据,使用微卫星鉴定工具软件(MISA)挖掘和分析其简单序列重复(SSR)位点。结果表明:拟环纹豹蛛转录组Unigene序列中共检测到6474个SSR位点,平均长度为12.36 bp,分布于4411条Unigene上。单核苷酸重复类型为拟环纹豹蛛转录组SSR位点的主导基序类型,共5025个,占总SSR位点的77.62%;在拟环纹豹蛛转录组序列识别的6474个SSR中共发现了53种重复基元,从单核苷酸到五核苷酸重复基元分别有2种、6种、27种、15种和3种,其中(A/T)基元类型占明显优势,占总SSR的74.44%。拟环纹豹蛛转录组SSR位点丰富,有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为拟环纹豹蛛的遗传多样性分析、功能基因的开发利用等方面的研究奠定基础。

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