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Position: Home > Articles > Sequence Analysis of pilL Gene of Acidovorax citrull Northern Horticulture 2013 (13) 121-124

西瓜嗜酸菌pilL菌毛基因的序列分析

作  者：
林振亚;高必达;赵廷昌
单  位：
中国农业科学院植物保护研究所;湖南农业大学生物安全科学技术学院
关键词：
西瓜嗜酸菌;pilL基因;生物信息学分析
摘  要：
在西瓜嗜酸菌标准菌株AAC00-1全基因组序列中选取了1个菌毛基因pilL序列,利用这个基因设计引物,选取国内外比较有代表性的7株西瓜嗜酸菌菌株进行PCR扩增,并对PCR产物进行了测序,从生物信息学的角度对这7个菌株pilL基因的序列特征、同源性、分子聚类、信号肽、疏水性、跨膜结构和二级蛋白结构进行了预测分析。结果表明:Aac5、pslbtw37、W1和pslbtw22 pilL基因之间的核苷酸氨基酸特征相近,同源性高,AAC00-1、AAC203-50和Fc376之间亦如此。预测发现7个编码蛋白表现为亲水性,都无跨膜结构,Aac5、pslbtw37和W1 pilL基因都存在一个类型为SPI的信号肽,其分泌蛋白所到达的亚细胞位点为s(即分泌到周质空间)。
译  名：
Sequence Analysis of pilL Gene of Acidovorax citrull
作  者：
LIN Zhen-ya1,GAO Bi-da1,ZHAO Ting-chang2(1.College of Bio-safety Science and Technology,Hunan Agricultural University,Changsha,Hunan 410128;2.State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests,Institute of Plant Protection,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100193)
关键词：
Acidovorax citrulli;pilL gene;bioinformatics analysis
摘  要：
The sequence of a pilL gene(locus tag Aave_2768 in whole genome) in standard strain AAC00-1was downloaded and a pair of primers were designed based on it,the gene encodes a putative type IV pilus protein.7 representative strains of Acidovorax citrulli were used to carry out amplification and PCR fragments were sequenced.The comprehensive bioinformatics analyses including sequence characteristics of DNA and amino acid,identity and homology,molecular clustering,protein physicochemical properties,hydrophobicity,transmembrane helices,signal peptide and protein secondary structural prediction were performed.The results showed that the characteristics of pilL at nucleotide and amino acid level were similar among Aac5,pslbtw37,W1 and pslbtw22,so were AAC00-1,AAC203-50 and Fc376.There were not transmembrane helices on 7 coding-protein,but find hydrophilic regions on them.A signal peptide(SPI)were found with Aac5,pslbtw37,W1,and coding-protein were secreted into the perilasmic space.

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