黄振;郭琼霞

福州长乐机场海关;福州海关技术中心

深黑颜实蝇;线粒体全基因组;序列分析;相对密码子使用频率;tRNA基因二级结构

基于Illumina HiSeq平台测序技术，对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析，测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征，使用最大似然法(ML)构建系统发育树，分析其亲缘关系和系统发育。测定结果表明，深黑颜实蝇线粒体基因组序列总长度15866 bp(GenBank上的登录号为：MW892727),具37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个非编码控制基因。13个蛋白质编码基因22种氨基酸的密码子中，UUA(TTA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高，N(RSCU)为378(3.75);tRNA基因二级结构中，除苯丙氨酸(F)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环外，其余20个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构图；线粒体tRNA基因中，共存在17处碱基对错配，错配的碱基对均为G-U;系统发育分析表明深黑颜实蝇与黑纹实蝇(B.(Z.)caudata)聚成一支，亲缘关系较近，属于镞果实蝇亚属。研究结果与传统形态学分类一致，为进一步的物种诊断、系统发育、进化生物学和防治研究提供参考。