当前位置: 首页 > 文章 > 番茄斑萎病毒侵染辣椒苗期的差异基因表达分析 分子植物育种 2022,20 (4) 1077-1086
Position: Home > Articles > Analysis of Differential Gene Expression in Pepper Seedlings Infected by Tomato spotted wilt orthotospovirus Molecular Plant Breeding 2022,20 (4) 1077-1086

番茄斑萎病毒侵染辣椒苗期的差异基因表达分析

作  者:
贾志强;高雪;陶宏征;刘雅婷;李永忠
单  位:
云南农业大学植物保护学院;云南农业大学农学与生物技术学院;云南农业大学烟草学院
关键词:
辣椒;番茄斑萎病毒;转录组;互作
摘  要:
为了研究番茄斑萎病毒与辣椒的互作机制,探究病毒侵染后mRNA表达谱,本研究选用'萧新19'为试验材料,利用Illumina RNA-seq测序平台进行转录组测序,将所得高质量的序列(Clean reads)与CM334_Annuum.v.2.0参考基因组进行比对.结果显示,有74.09%~76.91%数据比对到唯一的基因组位点.采用FPKM法计算基因的表达量,并在此基础上以FDR≤0.05和|log2FC|≥1为条件筛选出2组样本间差异表达基因.对差异基因进行Gene ontology(GO)和KEGG富集分析,通过排列前5的GO分析发现,主要分子功能有催化活性、结合等过程,差异表达基因显著富集到次生代谢物的生物合成、苯丙烷类生物合成、亚麻酸代谢等过程.从苯丙烷类合成途径和转录因子中挑选基因用RT-qPCR来验证转录组测序的真实性.通过研究发现,辣椒与番茄斑萎病毒互作是一个复杂的过程,它由多个交叉通路调节,包括苯丙烷类生物合成、类黄酮生物合成、新陈代谢过程等,这为后期深入研究辣椒与番茄斑萎病毒互作机理奠定基础.
译  名:
Analysis of Differential Gene Expression in Pepper Seedlings Infected by Tomato spotted wilt orthotospovirus

相似文章

计量
文章访问数: 9
HTML全文浏览量: 0
PDF下载量: 0

所属期刊

推荐期刊