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利用WGCNA方法分析猪胚胎期骨骼肌发育相关共表达网络的研究

作  者:
岳静伟;崔雪霞;王立贤;张龙超
单  位:
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;河北省农业农村和水利局
关键词:
大白猪;民猪;骨骼肌;胚胎;加权共表达基因网络
摘  要:
为了了解猪胚胎期骨骼肌发育的共表达网络,并进一步揭示造成品种间骨骼肌发育差异的关键基因,试验分别选取大白猪和民猪妊娠第45,70,100天的怀孕母猪各1头,屠宰后采集胎儿的骨骼肌组织24份(大白猪和民猪各12份,即每个品种妊娠第45,70,100天各4份)进行测序,先对所有组织进行聚类分析以排除离群样品,然后采用加权共表达基因网络分析(weight gene co-expression net-work analysis,WGCNA)方法构建基因共表达模块,并进一步筛选阶段相关模块,对阶段相关模块中的所有基因进行GO富集分析,最后用DESeq2软件对阶段相关模块中的所有基因进行差异分析.结果 表明:样品的比对率范围为94.0%~95.6%,共有23份样品可用于WGCNA分析.共构建了10个基因共表达模块,筛选出6个与阶段相关的共表达模块.在妊娠第45天相关模块基因显著富集到与细胞增殖、细胞循环和骨骼肌组织发育有关的生物学过程中;在妊娠第70天相关模块基因显著富集到与骨骼肌细胞分化有关的生物学过程中;在妊娠第100天相关模块基因显著富集到与线粒体呼吸链复合体Ⅰ组装和线粒体翻译有关的生物学过程中.分别在妊娠第45,70天相关模块中得到1576,205个显著表达的差异基因,TNFAIP1、LCP1和VCAM1基因是导致大白猪和民猪骨骼肌发育差异的候选基因.说明大白猪和民猪胚胎期骨骼肌发育受基因转录水平的调控.
译  名:
On the application of WGCNA in co-expression networks related to skeletal muscle development in pig embryos

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