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当前位置: 首页 > 文章 > 芝麻全基因组Hsp70基因的鉴定与生物信息学分析 江苏农业学报 2017 (3) 493-502
Position: Home > Articles > Genome-wide identification and bioinformatics analysis of Hsp70 gene family in Sesamum indicum Jiangsu Journal of Agricultural Sciences 2017 (3) 493-502

芝麻全基因组Hsp70基因的鉴定与生物信息学分析

作  者：
徐剑文;赵君;刘剑光;肖松华
单  位：
江苏省农业科学院经济作物研究所
关键词：
芝麻;Hsp70基因;生物信息学分析
摘  要：
利用隐马可链夫模型(HMM)对芝麻全基因组Hsp70基因进行了系统分析,共鉴定出21个Hsp70基因,其中17个属于Dnak基因亚家族,4个属于Hsp110/SSE基因亚家族。根据系统进化树分析和亚细胞定位结果,将芝麻21个Hsp70基因分为6个亚组,其中I亚组3个,定位于叶绿体;II亚组2个,定位于线粒体;III亚组5个,定位于内质网;IV亚组6个,定位于细胞质基质;V亚组4个,属于Hsp110/SSE基因家族;VI亚组1个。芝麻Hsp70基因启动子区域顺式作用元件功能预测结果显示,Hsp70基因参与芝麻的生长发育和逆境胁迫响应等生理过程。
译  名：
Genome-wide identification and bioinformatics analysis of Hsp70 gene family in Sesamum indicum
作  者：
XU Jian-wen;ZHAO Jun;LIU Jian-guang;XIAO Song-hua;Institute of Industrial Crops,Jiangsu Academy of Agricultural Sciences;
关键词：
Sesamum indicum;;Hsp70 gene;;identification;;bioinformatics analysis
摘  要：
In this study,Hsp70 genes in the sesame genome were systematically analyzed with Hidden Markov Model(HMM). A total of 21 SiHsp70 genes were identified,among which,seventeen belong to Dna K subfamily and four of them belong to Hsp110/SSE subfamily. Based on the phylogenetic and subcellular localization analysis,the 21 SiHsp70 genes were classified into 6 subgroups. Three chloroplast-localized genes belong to subgroup I,two mitochondrial-localized genes belong to subgroup II,five ER-localized genes belong to subgroup III,six cytoplasmic-localized genes belong to subgroup IV,four Hsp110/SSE-type genes belong to subgroup V,and one gene belongs to subgroup VI. The cis-acting elements in the promoters of SiHsp70 genes were further analyzed,and the results demonstrated that they were involved in growth,development and stress response.

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