当前位置: 首页 > 文章 > 甜荞根转录组SSR位点特征分析 江西农业学报 2021 (8) 1-5
Position: Home > Articles > 甜荞根转录组SSR位点特征分析 Acta Agriculturae Jiangxi 2021 (8) 1-5

甜荞根转录组SSR位点特征分析

作  者:
石桃雄;黎瑞源;黄娟;陈庆富;梁成刚
单  位:
贵州省信息与计算科学重点实验室;贵州师范大学荞麦产业技术研究中心
关键词:
甜荞;根;转录组;SSR;特征;
摘  要:
对甜荞根转录组的SSR位点进行了统计分析,并设计了引物。利用Misa软件在长度大于200 bp的55392条Transcripts中,共检索到3906个SSR位点,出现频率为1/1.709 kb。随着Transcripts长度的增加,含SSR序列的比例和SSR分布频率均增加。单、二和三核苷酸重复类型共占SSR位点总数的95.80%,其中单核苷酸重复数量最多,占48.13%;(A)n、(AG)n和(AAG)n分别是单、二和三核苷酸重复的优势基序,分别占47.51%、7.65%和9.49%。SSRs数量随着基序重复次数的增加而减少。10次(25.45%)、6次(15.34%)和5次(20.71%)重复的SSR数量最多。基于Krait v0.10.2软件共成功设计了1183对SSR引物,其中3对来自黄酮生物合成关键基因。

相似文章

计量
文章访问数: 6
HTML全文浏览量: 0
PDF下载量: 0

所属期刊

推荐期刊