戴晓港;房芝馨;胡雪纯;韩峭子;郭瑞瑞;谷瑞;李淑娴

南京林业大学林学院南方杨树工程技术研究中心江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室

薄壳山核桃（Carya illinoinensis）;基因组;微卫星;引物多态性;

通过对薄壳山核桃开展全基因组SSR位点分析,开发稳定可靠的多态性SSR引物,为薄壳山核桃遗传多样性分析、重要性状QTL定位、分子标记辅助育种以及良种分子鉴别等研究提供遗传标记信息。本研究采用Misa软件查找薄壳山核桃基因组微卫星,在651 Mb碱基序列中获得886 119个SSR位点。利用Primer 3.0在524 065个SSR位点成功设计了引物。从长度大于1 Mb的不同scaffold上,随机选取50对引物合成,其中40对引物可以成功扩增。采用8个不同品种的薄壳山核桃进行引物多态性检测,发现重复序列长度≥20 bp的引物多态性达58.8%,显著高于重复序列长度<20 bp引物的31.8%。利用毛细管电泳对聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选的多态性引物进行验证,发现9%非变性凝胶电泳的分辨率小于4 bp。本研究构建了薄壳山核桃全基因组SSR数据库,筛选了16对多态性SSR引物,为薄壳山核桃品种分子鉴别提供了重要的遗传标记,同时也为开展植物品种分子鉴别的方法提供了重要参考。