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11种唐松草属(Thalictrum)rbcL基因的密码子偏好性研究

作  者：
侯哲;娄晓鸣;李昂;黄长兵
单  位：
关键词：
唐松草属;rbcL基因;密码子;密码子偏好性
摘  要：
唐松草属(Thalictrum)是毛茛科(Ranunculaceae)的重要植物类群,为了明确唐松草属rbcL基因的密码子使用偏好性,从NCBI下载了11条唐松草属植物的rbcL序列,并对其密码子偏好性进行了分析.研究结果表明,rbcL基因的密码子中,GC1的平均值为0.583,GC2与GC3分别为0.435、0.310,其中,GC1含量最大,GC3含量最小,表现出显著的差异;ENC值与GC1和GC2的相关性不显著,而与GC3的相关系数为0.335(P<0.05),说明在rbcL基因中,密码子第3位的碱基组成与密码子的偏好性显著相关;中性绘图分析表明,GC3与GC12的相关性不显著,且选择对密码子的偏好性有着决定性的作用;ENC-plot及PR-plot结果表明,rbcL基因的ENC值低于预期值,且相比于嘌呤C/T,嘧啶A/G的使用频率要更低;RSCU分析表明,RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾,密码子使用度最高的3个密码子为CGU、UCU、ACU,用RSCU值做聚类分析,在一定程度上也可以反映唐松草属植物的亲缘关系.对于唐松草属植物的rbcL基因来说,酵母可以作为其表达受体,拟南芥可作为其转化受体.本研究为唐松草属叶绿体基因工程的开展奠定了基础,为其后续的遗传多样性、遗传结构及基因功能提供了借鉴信息.

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