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Position: Home > Articles > Codon Usage Bias in Chloroplast Genomes of Two Species of Dipterocarpaceae in Hainan Forest Inventory and Planning 2020,45 (6) 19-26

海南2种龙脑香科植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

作  者:
尹为治;方正;黄良鸿;龙文兴;李佳灵
单  位:
海南五指山国家级自然保护区管理局;海南大学
关键词:
坡垒;青梅;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子;龙脑香科植物
摘  要:
为分析坡垒、青梅叶绿体基因组密码子偏好性使用模式,运用CodonW、R语言等软件对49条坡垒叶绿体基因组密码子和51条青梅叶绿体基因组密码子进行中性绘图、ENC-plot等系统分析.结果表明,坡垒、青梅叶绿体基因组有效密码子数(ENC)均超过50,其密码子偏好性较弱.中性绘图分析发现,坡垒和青梅GC3与GC12相关不显著,回归斜率分别为0.21、0.18,说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响.ENC-plot分析结果显示,两者均约有20个基因分布在ENC期望值曲线附近,这部分基因密码子偏性主要受突变影响.相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现,坡垒、青梅最优密码子各有17、15个,且多以A/T结尾,但两者中相同的最优密码子仅有11个.其中,坡垒密码子第1位碱基及序列长度对叶绿体基因组密码子偏性影响较大;青梅则是第3位碱基组成对密码子偏性影响较大.综上,坡垒、青梅叶绿体基因组密码子偏性是由选择和突变及其它因素共同作用形成的,但存在一定差异.
译  名:
Codon Usage Bias in Chloroplast Genomes of Two Species of Dipterocarpaceae in Hainan

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