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Position: Home > Articles > 基于GBS技术的籼稻种质资源SNPs和Haplotype分析 Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica 2021 (6) 829-837

基于GBS技术的籼稻种质资源SNPs和Haplotype分析

作  者:
王悦星;郑世茂;王业文;李培江;张羽;于月华
单  位:
新疆农业大学农学院;陕西省水稻研究所;陕西理工大学生物科学与工程学院
关键词:
籼稻;Genotyping-by-sequencing;单核苷酸多态性;单倍型;
摘  要:
利用GBS技术(NlaⅢ和MseⅠ分别酶切)对198份(112份恢复系,49份保持系和37份不明恢保关系材料)陕西省主要籼稻种质资源进行测序,MAF 0.05过滤,获得91 421 SNPs,构建6 981个Haplotype。采用MEGA5、PLINKv 1.07、TASSEL 5.0等生物学主流软件和R语言,进行籼稻群体的SNPs和Haplotype在全基因组的分布特点、群体遗传结构及全基因组KEGG分析。分布在籼稻12个连锁群上的SNPs和Haplotype的多态性及密度都不同。主成分、UPGMA及K聚类都表明198个籼稻的遗传基础较单一,样本间的遗传距离为0.01~0.60,平均遗传距离为0.28。籼稻全基因组注释基因主要参与核糖体、植物激素信号转导和内质网蛋白质加工信号通路。平均每4 374 bp有1个SNP。198个籼稻组成的自然群体分层不明显,可以作为后续QTLs的定位群体。不同连锁群上编码的基因行使的主要生物学功能差异明显。

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