中国农业科学院农业信息研究所 中国农学会
Agricultural Information Institute of CAAS China Association of Agricultural Science Societies
En
Ch
中国农业科学院农业信息研究所 中国农学会 主办

AI检索

订阅

返回顶部
当前位置: 首页 > 文章 > 嗜吞噬细胞无形体ZJ-msp4基因的生物信息学分析 黑龙江畜牧兽医 2017 (23) 32-35+287-288
Position: Home > Articles > Bioinformatics analysis of ZJ-msp4 gene of Anaplasma phagocytophilum Heilongjiang Animal Science and Veterinary Medicine 2017 (23) 32-35+287-288

嗜吞噬细胞无形体ZJ-msp4基因的生物信息学分析

作  者：
赵庆亮;杨斌;王永树;冉光鑫;杨霞;盛金良
单  位：
黔西南民族职业技术学院生物工程系;石河子大学动物科技学院/人兽共患病实验室
关键词：
嗜吞噬细胞无形体;生物信息学;ZJ-msp4;信号肽;B细胞表位
摘  要：
为了利用生物信息学预测嗜吞噬细胞无形体ZJ-msp4蛋白的优势抗原表位,给寻找无形体病诊断和预防的候选抗原表位提供参考,试验参照Gen Bank中的msp4基因序列(登录号为EU008082.1)进行生物信息学分析。结果表明:ZJ-msp4蛋白的分子质量为30.1 ku,理论等电点为5.71,该蛋白的不稳定系数为29.13,组成较多的氨基酸有丝氨酸(Ser,13.8%)、甘氨酸(Gly,9.2%)、丙氨酸(Ala,8.9%)等;二级结构预测ZJ-msp4蛋白主要以无规卷曲、延伸链、α螺旋为主,TMHMM2.0预测该蛋白的第7~29位氨基酸可能为跨膜区,该跨膜区可能为信号肽序列;Signal P 4.1预测在msp4蛋白的N端第1~29位氨基酸序列为信号肽序列,该分析结果与TMHMM2.0分析结果一致;B细胞表位预测该msp4蛋白有11个线性表位,其中以28~38位、64~77位、87~101位、134~143位、245~264位是ZJ-msp4蛋白的优势抗原表位区段,可以作为诊断无形体病的候选表位。
译  名：
Bioinformatics analysis of ZJ-msp4 gene of Anaplasma phagocytophilum
作  者：
ZHAO Qingliang;YANG Bin;WANG Yongshu;RAN Guangxin;YANG Xia;SHENG Jinliang;Biological Engineering Department,Southwest Guizhou Vocational and Technical College for Nationalities;College of Animal Science and Technology/Zoonosis Laboratory,Shihezi University;
关键词：
Anaplasma phagocytophilum;;bioinformatics;;ZJ-msp4;;signal peptide;;B cell epitope
摘  要：
In order to predict superior antigenic epitopes of Anaplasma phagocytophilum ZJ-msp4 protein by bioinformatics,and to offer a suggestion on antigenic epitope candidates for the diagnosis and the prevention of anaplasmosis,msp4 gene sequence( accession number:EU008082. 1) from Gen Bank was used as a reference for bioinformatics analysis. The results showed that molecular weight of ZJ-msp4 protein was 30. 1 ku,with estimated isoelectric point of 5. 71 and instability coefficient of 29. 13. The major amino acids in this protein were Serine( Ser,13. 8%),Glycine( Gly,9. 2%),Alanine( Ala,8. 9%); and secondary structure of ZJ-msp4 protein was primarily composed of random coils,extended strands and alpha helixes. Amino acids 7 ~ 29 could be transmembrane region predicted by TMHMM 2. 0 and this region could be signal peptide sequence; the prediction of SignalP 4. 1 showed that amino acids 1 ~ 29 was signal peptide sequence,which had an agreement with the result of TMHMM 2. 0. B cell epitope prediction showd 11 linear epitopes in msp4 protein,and amino acids 28 ~ 38,64 ~ 77,87 ~ 101,134 ~ 143 and 245 ~ 264,were superior antigenic epitope regions,which could be candidate epitopes for the diagnosis of anaplasmosis.

相似文章

导出引用
计量
文章访问数: 10
HTML全文浏览量: 0
PDF下载量: 0

所属期刊

推荐期刊

友情链接Friendly link
农业信息研究所Agricultural information institute 农业智能知识服务平台Agricultural intelligent knowledge service platform 农业学术服务平台Agricultural Knowledge Service System 中国知网CNKI 维普网VIP 万方WANFANG DATA
联系我们Contact us

电话Tell：010-82109652-808

邮箱E-mail：agrijournal@caas.cn

服务Service
关于我们About us 意见建议Opinions and suggest
版权说明Copyright
单位：中国农业科学院农业信息研究所 中国农学会 © 2017中国农业科学院农业信息研究所 ICP备案号：京ICP备09089781号-46