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宏基因组分析揭示健康圈养川、滇、黔金丝猴肠道微生物群落特征

作  者:
朱荣霞;滑荣;任雅莉;罗财裕;邹泽诚;冯鑫
单  位:
佛山大学动物科技学院;北京动物园管理处
关键词:
圈养;滇金丝猴;黔金丝猴;川金丝猴;宏基因组;肠道微生物;功能
摘  要:
本试验基于宏基因组技术,比较圈养川、滇、黔金丝猴的肠道微生物群落组成及其功能。晨饲前分别采集北京动物园内饲养的3只川金丝猴、3只滇金丝猴及4只黔金丝猴粪便样本,用于宏基因组测序。结果显示:在α多样性分析中,川金丝猴肠道微生物群落在属水平的丰富度、均匀度及多样性均低于滇、黔金丝猴;3种圈养金丝猴的肠道微生物群落中,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、Uroviricota;优势菌属为另枝菌属(Alistipes)、颤螺旋菌科未分类属(unclassified_f_Oscillospiraceae)、梭菌纲未分类属(unclassified_c_Clostridia);主成分分析结果表明,3种圈养金丝猴的肠道微生物群落组成在属水平上差异较大。门水平和属水平的肠道微生物群落差异性检验及功能性差异分析结果表明,黔、川金丝猴的肠道微生物组都有较高的代谢活性,而3种圈养金丝猴对碳水化合物的代谢能力相近。本试验共检测出10种丰度差异显著的微生物标志物[线性判别分析(LDA)评分>3],其中滇、黔金丝猴各5种,均属于Candidatus_Aenigmarchaeota和Candidatus_Lokiarchaeota;在功能预测方面,3种圈养金丝猴肠道微生物与代谢功能有关的基因最多,其中以全局概览图的丰度最高,碳水化合物代谢次之,这符合金丝猴的食叶特性。本研究结果可为圈养金丝猴的饲养与营养代谢等方面研究提供参考信息。

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