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青藏高原特有种-藏扇穗茅叶绿体基因组测序及序列分析

作  者:
刘玉萍;吕婷;朱迪;周勇辉;刘涛;苏旭
单  位:
关键词:
禾本科;扇穗茅属;藏扇穗茅;叶绿体基因组;Illumina测序;系统分析;青藏高原
摘  要:
藏扇穗茅(Littledalea tibetica)是禾本科(Poaceae)雀麦族(Bromeae)中一个具有重要生态价值的多年生高山特有种,主要分布于青藏高原及其毗邻地区.本文采用基于第二代高通量测序平台的Illumina MiSeq技术,对青藏高原特有种—藏扇穗茅进行了叶绿体基因组测序,首次建立了雀麦族物种的标准测序流程;同时,以其近缘物种—黑麦草(Lolium perenne)的叶绿体基因组序列作为参考,组装获得它的叶绿体基因组序列.结果表明,藏扇穗茅叶绿体基因组序列全长136 852 bp,GC含量为38.5%,呈典型的四段式结构,其中大(LSC)、小(SSC)单拷贝区大小分别为80 970和12 876 bp,反向互补重复区(IR)大小为21 503 bp,共注释得到141个基因,包含95个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因,主要分布于大单拷贝区和小单拷贝区.同时,基于藏扇穗茅和其它30种禾本科植物叶绿体基因全序列构建的系统发育树显示,藏扇穗茅与早熟禾亚科中小麦族植物亲缘关系较近.
译  名:
Sequencing and Alignment Analysis of the Complete Chloroplast Genome of Littledalea tibetica, an Endemic Species from the Qinghai-Tibet Plateau

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