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Position: Home > Articles > 基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析 Molecular Plant Breeding 2020 (18) 5917-5924

基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析

作  者：
周琳;蔡友铭;张永春;杨柳燕;姚建军;薛建平;叶燕萍;席祖路;于忠正
单  位：
关键词：
乒乓菊;转录组;生物信息学分析;分子标记
摘  要：
为开展乒乓菊基因功能分析、表型差异、分子标记开发和遗传多样性等研究,本试验以'绿乒乓'和'粉乒乓'的花朵和叶片混合样品为试验材料,通过转录组测序分析,经de novo组装后获得133 200条Unigenes,进一步利用6大公共数据库对其进行注释,共注释64 601条Unigenes,并基于转录组数据开展SSR和SNP位点预测.结果表明:有25 462条Unigenes参与了KEGG代谢通路,包括与花色、花期和药用成分代谢等相关的途径;共预测到1 444个转录因子,分属于35个家族,包括在植物的生长发育、生物合成、抗非生物和生物胁迫等方面发挥重要作用的AP2/ERF、C2C2、bHLH、WRKY等转录因子家族,以及LBD、MADS和TCP等与花色素苷代谢、花和根系发育、植物进化和发育密切相关的转录因子家族.此外,从13 014条Unigenes序列中搜索到14 905个SSR位点;并分别从'绿乒乓'和'粉乒乓'中挖掘到1 081 925个和1 077 818个SNP位点.本研究可为乒乓菊功能基因挖掘和分子标记开发提供基础.

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