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Position: Home > Articles > Genome-wide Survey of Swida wilsoniana Molecular Plant Breeding 2022,20 (8) 2580-2585

光皮树全基因组调查

作  者:
周文才;李进;左继林;唐山
单  位:
江西省林业科学院
关键词:
光皮树;基因组调查;基因组大小;杂合率;GC含量
摘  要:
光皮树是重要的木本油料树种,也是优良的用材、园林绿化及生态树种,其分子生物学研究进展缓慢.本研究采用Illumina高通量测序技术及K-mer分析等生物信息学方法,首次开展了光皮树全基因组调查,结果表明:(1)光皮树基因组大小为1 001.81 Mb;(2)光皮树基因组杂合率为0.77%,重复序列比例为62.84%,GC含量为35.82%;(3)利用SOAP de novo软件对50.10 Gb序列进行组装,得到1 313 158条scaffold,拼接序列总长为897 216 182 bp,scaffoldN50为2 842 bp.根据光皮树基因组各指标的评估,推测光皮树基因组具有较高的重复序列和杂合率,本研究结果为光皮树进一步全基因组测序策略等提供了理论依据.
译  名:
Genome-wide Survey of Swida wilsoniana

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