氨基酸是构成蛋白质的基本单位，是核苷酸、激素、辅酶以及其他重要分子的前体^[19]，肌肉营养价值的高低取决于组成蛋白质的氨基酸种类和组成结构等。有研究表明，相比于肉鸡的胸肌，鸭的胸肌具有良好的氨基酸结构组成，具有较高的亮氨酸、赖氨酸、色氨酸、苯丙氨酸和酪氨酸含量，多不饱和脂肪酸（包括亚油酸和亚麻酸）含量也较高^{[20, 21]}。必需氨基酸是人体不能合成或者合成速度不能满足人体需要、必须从食物中摄取的氨基酸，如果从食物中摄入的必需氨基酸不足，则人体的发育和功能都会受到影响^[22]。

与42日龄的Z型北京鸭相比^[23]，本研究的300日龄Z9系北京鸭的胸肌肉所含必需氨基酸、非必需氨基酸和氨基酸总量均较高，说明北京鸭Z9系随着日龄增加肌肉氨基酸含量得到较好的维持。与56日龄的靖西大麻鸭相比^[4]，本研究的300日龄靖西大麻鸭胸肌和腿肌所含必需氨基酸、非必需氨基酸和氨基酸总量均较高，与北京鸭的结果一致。与56日龄吉安红毛鸭相比^[6]，本研究的300日龄吉安红毛鸭胸肌和腿肌所含必需氨基酸、非必需氨基酸和氨基酸总量均较低，与北京鸭和靖西大麻鸭结果相反，这3个分析结果说明肌肉氨基酸含量与日龄相关^{[8, 24]}。本研究分析的3个品种（系）肌肉必需氨基酸含量都大于不同日龄的樱桃谷鸭、连城白鸭和润州凤头白鸭肌肉必需氨基酸含量^{[8, 18]}，提示日龄可能会影响鸭肌肉必需氨基酸含量。本研究发现，吉安红毛鸭胸肌氨基酸总量和必需氨基酸含量显著高于北京鸭Z9系或者靖西大麻鸭，说明吉安红毛鸭胸肌营养价值相对更好。吉安红毛鸭腿肌氨基酸总量和必需氨基酸含量显著高于北京鸭Z9系，与靖西大麻鸭无差异，说明吉安红毛鸭腿肌的营养价值也较好。世界卫生组织认为质量较好的蛋白质，其氨基酸组成为EAA/TAA在40%左右、EAA/NEAA在60% 以上^[25]。本研究3个品种（系）胸肌和腿肌的EAA/TAA在39%～40%，EAA/NEAA在63%～68%，说明3个品种（系）的胸肌和腿肌蛋白质组成结构都很理想，营养价值高。

呈味氨基酸是形成肉品香味所必需的前体氨基酸，其组成和含量影响肉质鲜美程度，肌肉中呈味氨基酸含量越高，风味越浓郁，口感越好^{[26, 27]}。与其他鸭品种相比，本研究所分析的3个品种（系）肌肉呈味氨基酸含量都高于不同日龄的樱桃谷鸭、连城白鸭和润州凤头白鸭肌肉呈味氨基酸含量^{[8, 18]}，表明日龄可能是影响鸭肌肉风味的因素之一，与已有研究结果一致^[28]。本研究分析结果表明，靖西大麻鸭和吉安红毛鸭胸肌呈味氨基酸总量均极显著高于北京鸭Z9系，靖西大麻鸭腿肌呈味氨基酸总量显著高于北京鸭Z9系，吉安红毛鸭腿肌呈味氨基酸总量介于两者之间，说明300日龄靖西大麻鸭肌肉的风味更好。