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Position: Home > Articles > Characterization and phylogenetic analysis of the complete chloroplast genome of Geum aleppicum Jacq. Journal of Henan Agricultural University 2022,56 (3) 438-446

路边青叶绿体基因组特征与系统进化分析

作者：

胡赛文;马良;丁怡宁;毕光耀;李贺敏;黄岩;夏至

单位：

河南农业大学农学院;河南省中药材生产技术推广中心

关键词：

路边青;叶绿体全基因组;组装;系统发育;基因间隔区

摘要：

[目的]确定药用植物路边青(Geum aleppicum Jacq.)叶绿体基因组结构、特征及基因组成情况,比较其与近缘种的叶绿体基因组结构和系统发育的关系.[方法]以路边青为材料,利用高通量技术测定基因组DNA序列,用NOVO Plasty组装叶绿体基因组,并进行序列分析,采用最大似然法(maximum likelihood ML)构建系统进化树.[结果](1)路边青叶绿体基因组为典型的4分区域结构,全长为155911 bp,GC值为35.6%,包括1个大单拷贝区(LSC)、1对反向重复区(IR)和1个短单拷贝区(SSC),序列长度分别为85384、26119、18298 bp.路边青的叶绿体基因组共有132个基因,其中编码蛋白基因、rRNA基因与tRNA基因的数量分别为87、8、37个;(2)根据NCBI公开发布的24个蔷薇亚科植物的叶绿体全基因组信息,筛选出蔷薇亚科植物叶绿体基因组的14个变异位点较高的叶绿体基因间隔区;(3)系统进化分析表明,路边青与同属的Geum macrophyllum Willd.和Ge-um rupestre(T.T.Yu&C.L.Li)Smedmark.三者构成一单系分支,具有100%的支持率.[结论]探究了药用植物路边青的叶绿体全基因组,并基于叶绿体基因组数据再次验证,药用植物路边青隶属于蔷薇亚科的路边青属(Geum L.),与该属的Geum macrophyllum Willd.和Geum rupestre(T.T.Yu&C.L.Li)Smedmark.亲缘关系较近.

译名：

Characterization and phylogenetic analysis of the complete chloroplast genome of Geum aleppicum Jacq.

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