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基于SNP芯片分析川南黑山羊保种群体的遗传结构

作  者:
王莉娟;曹伟;王小强;杨舒慧;李强
单  位:
关键词:
川南黑山羊;SNP芯片;保种效果;遗传多样性;遗传结构
摘  要:
为分析川南黑山羊保种群的遗传结构,本研究使用山羊 65K SNP芯片对 289 只川南黑山羊(40 只公羊和249只母羊)进行了单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)测定,通过Plink(V1.90)、GCTA(V1.94)、MegaX(V10.0)和R软件对川南黑山羊保种群体的遗传结构及近交程度进行分析.结果表明,289 只川南黑山羊保种群体的多态标记比例(Proportion of Polymorphic Marker,PN)为 87.6%;有效群体含量(Effective Population Content,Ne)、多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)、最小等位基因频率(Minor Allele Frequency,MAF)分别为22.5、0.285、0.261;观察杂合度(Observed Heterozygosity,Ho)、期望杂合度(Expected Heterozygosity,He)分别为 0.363、0.366;群体平均遗传距离为 0.291,基于ROH的平均近交系数为 0.036,保种群所有公羊可划分为 17 个家系,满足保种场的血缘数量要求.综上所述,川南黑山羊保种群体总体上近交水平较低,近交衰退风险低,但群体多态性偏低,需引入纯种血缘,扩大保种群体核心群.

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