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Position: Home > Articles > Study on genotyping of serotype A foot-and-mouth disease viruses based on analysis of the VP1 gene sequences Heilongjiang Animal Science and Veterinary Medicine 2007 (11) 19-21

A型口蹄疫病毒VP1基因序列的基因分型研究

作者：

梁之昶;陈小玲;姚刚;章振华;相磊;杨兵;石岗

单位：

北京市农林科学院畜牧兽医研究所;新疆农业大学动物医学院;江西农业大学动物医学院

关键词：

A型口蹄疫病毒;VP1;基因分型;双序列比对;构建系统发育树

摘要：

为设计A型FMDV基因分型探针建立其3个基因型的数据库,以美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库和英国口蹄疫世界参考实验室(FMDWRL)基因库中所登记的血清A型口蹄疫病毒(FMDV)VP1基因序列为研究对象,运用双序列比对和构建系统发育树的方法对未知基因型的VP1序列进行基因分型并比较两种方法的分型结果。结果表明,两种分型方法的分型率均达到92%,分型结果基本一致。运用这两种方法都可实现对A型FMDV VP1序列的基因分型。

译名：

Study on genotyping of serotype A foot-and-mouth disease viruses based on analysis of the VP1 gene sequences

作者：

HANG Zhi-chang~(1,2) CHEN Xiao-ling~(2*) YAO Gang~1 1.College of Veterinary Medicine,Xinjiang Agricultural University,Urmuqi 830052,China; 2.Institute of Animal Science and Veterinary Medicine,Beijing Municipal Academy of Agriculture and Forestry,Beijing 100097,China

关键词：

Serotype A FMDV;;genotype;;VP1 gene;;pairwise comparison;;phylogenetic tree construction

摘要：

In order to design serotype A FMDV genotyping probes the database for its 3 genotypes need to be created,The VP1 gene sequences of serotype A FMDV from NCBI GenBank and FMDWRL website were studied.The pairwise comparison and phylogenetic tree construction were used to analyze the geno- types of these sequences,followed by agreement comparison of the two results.The result showed that the genotyping rate of serotype A FMDV VP1 sequences with beth methods was 92%.It suggests that the two methods have a good correlation.Based on those,the type A FMDV whose genotypes are unknown could be classified into the existing genotypes.

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