朱晓菲;黄娇媚;原昊;万逸

海南大学信息与通信工程学院;海南大学海洋学院/南海海洋资源利用国家重点实验室

Cas酶发掘;CRISPR-Cas系统;生物信息学分析;

近年来,规律间隔成簇短回文系统（CRISPR-Cas）作为基因编辑手段在动植物基因编辑中已广泛应用。现已被证实的Class2类CRISPR-Cas系统CRISPR-Cas12、CRISPR-Cas14等均通过生物信息学手段被发掘出来,因此,生物信息学成为发现新CRISPR-Cas系统及其子类型的重要方法。笔者综述了Cas酶两类生物信息学发掘手段,一类方法是通过已知Cas酶建立隐马尔科夫模型（HMM）预测可能的同类Cas酶;另一类方法是以标志序列Cas1或CRISPR识别为基础分析上下游可能的Cas酶,同时讨论了两种方法的限制。在此基础上,综述了Cas蛋白和CRISPR序列进一步分析方法,包括Cas蛋白同源性、进化分析及CRISPR序列间隔序列（spacers）、前间隔序列（protospacers）前间隔序列临近基序（PAM）分析。