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水稻Osa-miR5485生物信息学分析及表达载体构建

作  者:
李亚娟;陈冠明;刘鸿森;朱华霞;陈志雄
单  位:
华南农业大学公共基础课实验教学中心;华南农业大学农学院
关键词:
水稻;microRNAs;幼穗;非生物胁迫;
摘  要:
为研究水稻microRNAs (miRNAs)的功能,本研究采用生物信息学方法分析Osa-miR5485的结构及功能注释。结果表明,Osa-miR5485前体序列具有典型的发夹结构,其启动子具有41个顺式作用元件,其中有些作用元件与非生物胁迫、激素、组织特异性表达相关。实时荧光定量PCR (RT-qPCR)分析结果发现,Osa-miR5485在幼穗具有特异性表达。利用psRNATarget和Starbase数据库预测到Osa-miR5485调控的73个靶基因。GO功能注释结果表明,靶基因主要涉及水解酶活性和碳水化合物的结合等分子功能、膜和质膜等细胞组分、胁迫应答和DNA修复等生物过程。多个Osa-miR5485靶基因表达呈现器官或组织特异性,或受干旱、ABA、JA等非生物胁迫诱导表达。RT-qPCR分析发现,Osa-miR5485表达模式与靶基因LOCOs11g38260 (编码质体原纤蛋白)呈现相反的趋势,初步推测Osa-miR5485参与水稻生殖生长阶段的非生物胁迫反应。构建了Osa-miR5485的增强表达载体和基因编辑载体,为进一步探讨Osa-miR5485的生物学功能奠定基础。

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