曹慧;杨丹娇;张敏;李平;张朝辉;汤承;张斌

四川省甘孜藏族自治州动物疫病预防控制中心;四川省甘孜藏族自治州畜牧业科学研究所;西南民族大学畜牧兽医学院

四川藏猪;戊型肝炎病毒;基因组;遗传分析;

旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒（hepatitis E virus, HEV）的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018—2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型。RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48%（68/332,95%CI=16.3%～25.2%）,22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27%（17/22,95%CI=54.6%～92.2%）,健康样本阳性率为2.86%（3/105,95%CI=0.6%～8.1%）,腹泻样本阳性率为28.63%（65/227,95%CI=22.8%～35.0%）,系统进化分析显示所有阳性株均为G4型。为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年。并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5%～93.1%。通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3 746—4 655 bp。本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据。