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基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选

作者：

邓伊华;王天娇;王洪亮;董依萌;刘欣;邢秀梅

单位：

东北林业大学野生动物与自然保护地学院;中国农业科学院特产研究所

关键词：

塔河马鹿;重测序技术;SNPs;筛选

摘要：

[目的]筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考.[方法]对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度.用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1 500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析.[结果]全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868 791 354 600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求.32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787.过滤后得到20 139 122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域.建树后候选特异性SNPs位点数为12 050 781个.使用VCFTOOLS筛选得到544 717个SNPs位点.选取每条染色体排名前1 500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49 500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点.[结论]通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了 100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据.

译名：

Screening of Specific SNP Sites in Tahe Red Deer Based on Resequencing Technology

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