何森;曹新芳;郑雪莉;王豆;王洪永;蒋本模;卜书海

凤县逢春济民可信科技养殖有限公司;西北农林科技大学林学院;西北农林科技大学生命科学学院

野生林麝;宏基因组学;消化道微生物;抗生素抗性基因;差异富集分析;

本试验旨在研究野生林麝（Moschus berezovskii）瘤胃、小肠和大肠微生物组成和抗生素抗性基因。采集野生林麝消化道3个区段（瘤胃、小肠和大肠）的内容物进行宏基因组测序,并进行常规物种注释和抗生素抗性基因功能注释。结果表明:3个区段共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）;瘤胃中主要优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella）、月形单胞菌属（Selenomonas）,小肠中主要优势菌属为链球菌属（Streptococcus）、埃希氏菌属（Echerichia）,大肠中主要优势菌属为梭菌属（Clostridium）、拟杆菌属（Bacteroides）。基因常规注释显示各个区段微生物基因在不饱和脂肪酸合成和抗生素抗性上差异较大。抗生素抗性基因注释显示macB、sav1866和bcrA绝对丰度最高,且都来自于大肠细菌;瘤胃中抗生素抗性基因绝对丰度最大的是Aminocoumarin_resistant_alaS,小肠中是adeG,大肠中是macB。通过对野生林麝消化道微生物组成分区段比对,发现瘤胃、小肠和大肠微生物组成和抗生素抗性基因分布存在较大差异,大肠和小肠中细菌与野生林麝的多重耐药性关系更密切。