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Position: Home > Articles > Cloning and Bioinformatic Analysis of a cDNA Encoding a Putative ent-Copalyl Diphosphate Synthase from Andrographis paniculata(Burm.f.) Nees Biotechnology Bulletin 2012,0 (10) 156-162

穿心莲ent-柯巴基焦磷酸合酶基因的克隆与生物信息学分析

作  者：
姚攀;陈慧芝;李竹君;何瑞;杨锦芬;徐晖
单  位：
广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心
关键词：
穿心莲;穿心莲内酯;ent-焦磷酸古巴酯合成酶(CPS);基因克隆
摘  要：
旨在克隆穿心莲CPS的编码基因,并进行序列分析。通过RT-PCR和cDNA末端快速扩增的技术从穿心莲叶片中获得目的基因;并利用生物信息学的方法对其编码蛋白进行功能分析。结果显示,获得了全长2 499 bp的cDNA序列,编码一个833 aa的蛋白。序列同源性比较表明,该蛋白与野甘草、咖啡等其他植物来源的CPS具有较高的同源性。保守功能结构域分析显示,该蛋白包含一个富含Asp残基的植物萜类合酶的共有保守功能域"DXDD",归属于萜类生物合成酶I类超级家族和顺式聚异戊二烯焦磷酸合酶超级家族。初步推测克隆得到了穿心莲CPS的编码基因(命名为ApCPS,GenBank登录号为JN216843.1)。
译  名：
Cloning and Bioinformatic Analysis of a cDNA Encoding a Putative ent-Copalyl Diphosphate Synthase from Andrographis paniculata(Burm.f.) Nees
作  者：
Yao Pan1,2 Chen Huizhi1,2 Li Zhujun1,2 He Rui1,2 Yang Jinfen1,2 Xu Hui1,2(1Research Center of Chinese Herbal Resource Science and Engineering,Guangzhou University of TCM,Guangzhou 510006;2Key Laboratory of Chinese Medicine Resource from Lingnan(Guangzhou University of Chinese Medicine),Ministry of Education,Guangzhou 510006)
关键词：
Andrographis paniculata Andrographolides ent-copalyl diphosphate synthase(CPS) Gene cloning
摘  要：
The aim of this study is to clone the cDNA encoding CPS from Andrographis paniculata(Burm.f.) Nees and analyze its function.RT-PCR combined with RACE-PCR was used to clone the CPS gene from the leaves of A.paniculta.Bioinformatic analysis was used to identify the gene.Results showed that a cDNA with the length of 2 499 bp encoding 833 amino acids was cloned.Homologous analysis showed that the deduced protein has extensive sequence similarities to CPS from other plants,such as Scoparia dulcis,Caffea arabica.The result of CD-search(Conserved Domain Database) indicated that the deduced protein contains a conserved Asp-rich motif "DXDD" of plant terpene synthases and belongs to isoprenoid biosynthsis Class I superfamily and trans-isoprenyl diphosphate synthases.A putative CPS gene from A.paniculata(designated as ApCPS,GenBank accession number JN216843) was successfully cloned.

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