中国对虾4代人工选育群体与1个野生群体遗传多样性分析及差异SNP位点筛查
水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学;中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室
- 摘 要：
- 利用2b-RAD技术对中国对虾（Fenneropenaeus chinensis） 2015年、2016年、2017年、2019年4代选育群体和野生群体合计821尾个体进行简化基因组测序,分析中国对虾人工选育群体和野生群体遗传多样性特征,挖掘在持续人工选育过程中受选择的SNP位点。测序共得到83767个SNP位点,F-统计结果显示,野生群体与选育群体间遗传分化系数（FST）均值为0.022,野生群体与2019年选育群体之间遗传分化程度最高为0.0260,与2015年选育群体之间遗传分化程度最低为0.0190;野生群体与选育群体之间遗传分化系数（FST）均小于0.05,为弱遗传分化。群体主成分分析（PCA）结果显示野生群体与选育群体之间遗传结构未发生明显改变。遗传多样性统计结果表明,野生群体与选育群体期望杂合度（He）均值分别为0.1716和0.1806,观测杂合度（Ho）均值分别为0.1861和0.1943,多态性信息含量（PIC）均值分别为0.1428和0.1515,核苷酸多态性（Pi）均值分别为0.1732和0.1813,其中2017年、2019年选育群体各遗传多样性指数与野生群体相比均存在显著差异（P<0.05）。对不同世代选育群体与野生群体进行选择消除分析,分别得到92个、103个、166个、117个受选择SNP位点,共有位点数目为4个。相邻世代选育群体之间等位基因频率逐代上升的共有位点数目为7107个,其中3674个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡（P<0.05）;等位基因频率逐代下降的共有位点数目为8501个,其中4101个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡（P<0.05）。研究结果表明,中国对虾经过累代人工选育,依然具有较高的遗传选育潜力,可以继续作为人工选育材料。
关键词：中国对虾;2b-RAD;SNP标记;遗传多样性;人工选择;
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