灵芝转录因子同源蛋白生物信息学分析及转录表达特性研究
南京农业大学生命科学学院;西藏自治区农牧科学院蔬菜研究所
- 摘 要:
- [目的]本文旨在对灵芝中主要的转录因子家族同源蛋白进行筛选,分析其序列特性和乙酸处理下的转录水平变化,为深入研究灵芝的基因表达及产物代谢调控提供理论基础.[方法]运用生物信息学方法,分析灵芝蛋白数据库,将其与公共数据库中的19种真菌常见转录因子家族进行比较,从中筛选出灵芝转录因子家族同源蛋白.对bZIP转录因子家族进行生物信息学特性分析.通过乙酸处理组的转录组数据分析它们的转录水平变化.[结果]经数据库比对,获得来自19个家族的261个灵芝转录因子同源蛋白,其中含有OB-fold、Zn2Cys6和C2 H2保守结构域的同源蛋白数量最多,分别为61、55和40个.进化树分析结果表明,灵芝中bZIP转录因子同源蛋白可分为4个亚组.染色体定位结果显示,Chr 3上的转录因子同源蛋白数量最多,Chr 13上的最少.亚细胞定位预测结果表明,位于核仁和细胞质的转录因子同源蛋白数量较多,分别为108和78个.乙酸处理组的转录组数据表明,含有TEA结构域的GL22568_R1在乙酸处理后转录水平显著下调;含有C2 H2结构域的GL16029_R1以及含有Zn2Cys6结构域的GL17627_R1、GL16724_R1和GL21326_R1在乙酸处理后转录水平显著上调.[结论]灵芝转录因子家族分类较多,分布较广,其中分属于TEA、C2 H2和Zn2Cys6三个转录因子家族的5个同源蛋白能够响应乙酸处理.
关键词:灵芝;基因组;转录因子;生物信息学;乙酸;转录组
相似文章
-
水分对灵芝菌丝体和子实体的影响 [贺世红] 中国食用菌 2000,19 (5) 16-17
-
灵芝新品种药赤芝1号的选育研究 [贺黎铭, 姚珂, 周州, 江南, 罗霞] 四川农业科技 2022 (5) 15-20
-
芦苇秸秆对灵芝液体发酵多糖产量的影响 [辛世纪, 刘静雯, 班立桐, 黄亮, 王玉, 孙宁] 中国食用菌 2022,41 (4) 36-41
-
不同枇杷枝屑配方对灵芝栽培特性和品质的影响分析 [赖腾强, 谢娜, 吴伯文, 张平, 李晔, 金凌云] 农业与技术 2022,42 (3) 15-17
-
液体发酵灵芝胞外多糖和胞内多糖的单糖组成及抗氧化活性 [罗钦, 徐军伟] 食用菌学报 2021 (6) 135-142
-
灵芝三萜提取工艺优化 [郑苗欣, 张振伟, 王雪婷, 周伟坚, 莫转林, 莫美华] 中国食用菌 2022,41 (4) 64-68
-
广东粤北山区林下灵芝栽培模式及技术要点 [何焕清, 彭洋洋, 肖自添, 黄清华, 许克勇, 陈郁] 中国食用菌 2022,41 (1) 41-44+51
-
辽西地区温室灵芝栽培技术 [郭成义] 农业科技通讯 2022 (2) 263-265
-
8个灵芝菌株农艺性状、产量及有效成分比较分析 [盛立柱, 谢良明, 叶晓菊, 何建芬, 廖加贵, 文冬华, 林火松] 中国食用菌 2022,41 (1) 70-75
-
灵芝子实体、菌丝体和孢子黑色素的结构表征与理化性质研究 [王昭玉, 常明昌, 徐丽婧, 孟俊龙, 左宁柯, 潘旭] 生物技术通报 2021 (11) 81-91