当前位置: 首页 > 文章 > 亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析 西北农林科技大学学报(自然科学版) 2016 (1) 61-69+82
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亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析

作  者:
蔡娟;商海红;李伟杰;王中娜;宋威武;张震;巩万奎;刘爱英;陈婷婷;李俊文;龚举武;石玉真;葛群;刘世尧;袁有禄
单  位:
西南大学园艺园林学院/南方山地园艺学教育部重点实验室;西南大学园艺园林学院/南方山地园艺学教育部重点实验室^中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室/农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室
关键词:
亚洲棉;AGO;生物信息学
摘  要:
【目的】在全基因组水平上鉴定亚洲棉(Gossypium arboretum L.)AGO蛋白家族成员,分析其进化关系,为亚洲棉遗传改良提供基因资源。【方法】用AGO蛋白保守域在亚洲棉基因组数据库中进行同源比对,并对AGO蛋白家族的进化关系、基因结构、结构域、染色体定位、三级结构及表达模式等进行生物信息学分析。【结果】从亚洲棉蛋白数据库中共鉴定出11个AGO蛋白家族成员,其编码区长度为2 949~9 807bp,定位在6条染色体上,其中第9号染色体上分布有4个基因;11个AGO家族成员分为5个亚族,亚族内各成员间具有很高的保守性;AGO家族成员均具有典型的α-螺旋跨膜结构,属于碱性蛋白;从表达模式看,AGO家族成员在纤维发育不同时期和不同组织中的表达量存在较大差异,其中5个基因在棉纤维次生壁后期高表达,在其他时期表达水平较低,存在组织特异性。【结论】成功鉴定了亚洲棉AGO蛋白家族,明确了其基本结构的进化关系及基因表达特点。
作  者:
蔡娟;;商海红;;李伟杰;;王中娜;;宋威武;;张震;;巩万奎;;刘爱英;;陈婷婷;;李俊文;;龚举武;;石玉真;;葛群;;刘世尧;;袁有禄
单  位:
西南大学园艺园林学院/南方山地园艺学教育部重点实验室;;中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室/农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室

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