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Position: Home > Articles > 基于流式细胞术和K-mer分析的银缕梅属(Parrotia C.A.Mey.)植物基因组大小测定 Journal of Plant Genetic Resources 2021 (2) 561-570

基于流式细胞术和K-mer分析的银缕梅属(Parrotia C.A.Mey.)植物基因组大小测定

作  者：
张云燕;安宇;林峰;马秋月;周翔宇;金亮;李朋富;王中生
单  位：
南京大学生命科学学院;南京林业大学现代分析测试中心;江苏省农业科学院休闲农业研究所;上海辰山植物园;浙江省园林植物与花卉研究所
关键词：
银缕梅;波斯铁木;基因组大小;流式细胞术;K-mer分析;基因组去冗余;
摘  要：
金缕梅科（Hamamelidaceae）银缕梅属（Parrotia C. A. Mey.）仅包含银缕梅（Parrotia subaequalis（H. T. Chang）R.M. Hao&H. T. Wei）和波斯铁木（Parrotia persica（DC.）C. A. Mey.）两种落叶阔叶乔木,其中银缕梅是我国华东地区特有的Ⅰ级濒危珍稀保护植物,属东亚第三纪孑遗成分;其姊妹种波斯铁木则间断分布于伊朗北部,属北极第三纪孑遗植物类群。本研究首次利用流式细胞术和K-mer分析方法对银缕梅属两姊妹种的基因组大小进行了测定,建立和优化了以萝卜（Raphanus sativus L.‘Saxa’）为内标、WPB（Woody plant buffer）为细胞核解离液的两种植物单倍体基因组的DNA含量（DNA C值）流式测定的适宜体系,旨在为金缕梅科银缕梅属植物的全基因组测序、基因组学研究、种质资源开发和利用以及物种保育等提供前期基础数据参考;同时也可为金缕梅科其他属、种的基因组大小测定提供借鉴。主要研究结果如下:（1）通过流式测定银缕梅基因组大小约为971.45±13.91 Mb,波斯铁木基因组大小约为890.52±24.69 Mb;（2）K-mer分析估测银缕梅基因组大小为951.70 Mb,杂合率为1.740%,重复序列比例为77.50%;波斯铁木基因组大小为858.50 Mb,杂合率为0.695%,重复序列占74.30%;（3）银缕梅属于高杂合和高重复基因组,波斯铁木则属于微杂合和高重复基因组。本研究的结果为银缕梅属植物后续基于DNA三代高通量测序技术的全基因组测序、组装及去冗余处理等工作提供了重要的数据参考。

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