中国农业期刊集成服务平台

当前位置: 首页 > 文章 > 糯谷与非糯谷waxy基因全序列比对与多态性位点分析分子植物育种 2021,19 (12) 4040-4049

Position: Home > Articles > Full Sequence Alignment and Polymorphism Loci Analysis of waxy Gene in Non-waxy and Waxy Foxtail Millets Molecular Plant Breeding 2021,19 (12) 4040-4049

糯谷与非糯谷waxy基因全序列比对与多态性位点分析

作者：

白玉婷;李强;冯玉梅;杨燕;李星聪;郭世华

单位：

内蒙古农业大学生命科学学院;内蒙古农业大学农学院

关键词：

谷子(Setaria italica);waxy基因;全序列;多态性位点;氨基酸序列

摘要：

为了明确粳糯谷子waxy基因DNA全序列及其氨基酸序列多态性,以3份糯质和2份非糯谷子品种为材料,通过Primer Premier 5.0引物设计、PCR扩增、目的片段纯化、阳性克隆和菌液PCR测序拼接,以Setaria italica v2.2 (Foxtail millet)基因为参考序列,分析参试材料间waxy基因全序列的多态性位点,利用在线SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/)分析预测其waxy氨基酸序列及其二级结构域.结果表明,(1)waxy基因全序列总长度为4218 bp.5份供试材料与参考基因序列比对共检测到54个突变位点,其中转换、颠换(易位)、插入和缺失突变依次分别为24、19、5和6个.(2)'公谷68'、'红粘谷'、'赤谷4号'、'赤谷9号'和'杏黄粘'与参考基因序列比对分别含有36、8、5、5和0个差异位点,其中'公谷68'与参考基因组序列比对,存在Intron 6第2052 bp (T)和Intron 9第2883 bp (AGGTG)等5个插入,在Intron 12(3602 bp)缺失T,Intron 6(2109~2125 bp)缺失ACATTCTTTCAGACTGC等6个缺失位点,以及Intron 1 (396,787 bp) (C-A)等12个颠换,exon 1 (54,68 bp) (A-G)等12个转换.'红粘谷'Intron 6在2078 bp (T-A)等含有3个颠换,以及exon 1第54和68 bp、Intron1第201 bp (A-G)等5个转换.(3)粳糯谷waxy基因序列比对中,'公谷68'、'杏黄粘'和'红粘谷'与非糯'赤谷4号'分别含有31、5和3个多态性位点.(4)粳糯谷之间检测到70个氨基酸序列差异位点,其中'公谷68'与其余4份材料存在69个差异位点,'杏黄粘'第248个氨基酸为S(丝氨酸),其余4份材料均为N(天冬酰胺).'公谷68'检测到low complexity (51~67)、Pfam:Glyco_transf_5 (81~341)、Pfam:Glycos_transf_1 (385~524)、Pfam:Glyco_trans_1_4(396~533)和low complexity (580~604)等5个waxy氨基酸序列二级结构域,'红粘谷'、'杏黄粘'、'赤谷4号'和'赤谷9号'均含有上述前4个结构域,但与'公谷68'结构域的氨基酸位置不同,其差异氨基酸数目依次分别为0、1、0和12个.

译名：

Full Sequence Alignment and Polymorphism Loci Analysis of waxy Gene in Non-waxy and Waxy Foxtail Millets

相似文章

不同间作方式对谷子间作大豆群体结构的影响 [陈宇, 袁宏安, 韩芳, 郑太波, 张强, 王海龙] 湖北农业科学 2021,60 (24) 37-40,69
高光低温气候条件下三种禾谷类作物的光合特性研究 [崔婷茹, 姚林玲, 杨永星, 张立峰] 湖北农业科学 2017,56 (3) 429-434
谷子轻简高效生产技术集成模式的综合效益评价——以河北省谷子为例 [] 湖北农业科学 2018 (20) 13-18
谷子显性恢复基因的AFLP分析 [袁进成, 程校云, 姚志刚, 龚学臣, 王凌云] 湖北农业科学 2015 (7) 1547-1551
谷子PYR/PYL/RCAR基因家族进化及表达分析 [王帅磊, 李子琪, 陈辉龙, 吴蒙, 葛伟娜] 分子植物育种 2020 (17) 5544-5554
谷子TCP基因家族成员序列特征及表达模式分析 [连卜颍, 王喆, 韩尚玲, 侯思宇, 韩渊怀, 李红英] 分子植物育种 2020 (3) 710-718
谷子转录因子SiNF-YA6的过表达提高转基因植株对低氮胁迫的抗性 [方广宁, 胡利芹, 王二辉, 薛飞洋, 马有志, 徐兆师, 李连城, 周永斌, 刁现民, 贾冠清, 陈明, 闵东红] 中国农业科学 2015,48 (20) 3989-3997
谷子SiSAP8基因的克隆及dCAPS标记开发 [王亦学, 郝曜山, 张欢欢, 董艳辉, 王晓清, 孙毅] 分子植物育种 2020 (15) 4997-5002
谷子生物量与器官几何特征间的异速驱动关系研究 [王思雨, 张吴平, 李富忠, 王国芳, 梁靓] 湖北农业科学 2023,62 (10) 1-4,12

导出引用

计量

文章访问数: 7

HTML全文浏览量: 0

PDF下载量: 0

糯谷与非糯谷waxy基因全序列比对与多态性位点分析

相似文章

所属期刊

分子植物育种

推荐期刊

分子植物育种

湖北农业科学