当前位置: 首页 > 文章 > 鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析 江苏农业科学 2022,50 (3) 28-35,48
Position: Home > Articles > 鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析 Jiangsu Agricultural Sciences 2022,50 (3) 28-35,48

鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析

作  者:
李青;何斌;陈群利;游萍
单  位:
贵州工程应用技术学院生态工程学院
关键词:
鲫鱼;转录组学;肝脏;血液;卵巢;unigene;SNP分析;SSR分析;高通量测序
摘  要:
为进一步丰富鲫鱼基因组数据,对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序.采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序,对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析.结果提示,组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp.与相应数据库比对,最终获得117 414(91.87%)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释,并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中;有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型;获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路.在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点,共检测到48 808个SSR位点.提示获得有注释信息的unigene共117 414条,此外,获得一些SNP和SSR位点.结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础.

相似文章

计量
文章访问数: 28
HTML全文浏览量: 0
PDF下载量: 0

所属期刊

推荐期刊