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基于2b-RAD简化基因组测序的三门湾海域3种优势鱼类群体遗传多样性分析

作  者:
王星火;常雪晴;程方平;马路阔;徐旭丹;王有基;黄伟
单  位:
上海海洋大学国家海洋生物科学国际联合研究中心;自然资源部第二海洋研究所自然资源部海洋生态系统动力学重点实验室
关键词:
三门湾;白姑鱼;中华栉孔虾虎鱼;龙头鱼;2b-RAD;SNP;遗传多样性
摘  要:
为评估浙江省三门湾海域鱼类种质资源现状,采用简化基因组测序技术,对三门湾海域3种优势鱼种(白姑鱼Pennahia argentata、中华栉孔虾虎鱼Ctenotrypauchen chinensis和龙头鱼Harpadon nehereus)进行群体遗传多样性分析.结果表明,白姑鱼、中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼获得单核苷酸多态性(SNP)位点分别为125225个、51283个、55128个,变异位点比例分别为1.74%、0.79%、0.54%,多态信息含量(PIC)分别为0.208、0.177、0.221,核苷酸多样性(Pi)分别为0.259、0.219、0.281.其中白姑鱼观测杂合度小于期望杂合度,显示出群体内纯合子较多,杂合子缺失;而中华栉孔虾虎鱼、龙头鱼观测杂合度大于期望杂合度,显示出杂合过度.3种鱼类群体以龙头鱼观测杂合度最高.综合以上SNP位点多样性、多态性信息含量、群体遗传多样性比较结果,三门湾海域3种鱼类群体变异位点比例均较低,相同群体的个体间遗传分化较小,遗传结构较稳定,总体上遗传多样性处于较低水平,应进一步加强资源保护和恢复.
译  名:
Population genetic diversity of three dominant fishes in the Sanmen Bay area based on 2 b-RAD simplified genome sequencing

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