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Position: Home > Articles > H-FABP gene cloning,SNPs screening and bioinformatics analysis in Gansu black pig Acta Agriculturae Zhejiangensis 2018 (3) 378-385

甘肃黑猪H-FABP基因克隆、SNPs筛查及生物信息学分析

作者：

农伟伦;毕英杰;李宏旭;张丽

单位：

西北民族大学生命科学与工程学院

关键词：

甘肃黑猪;H-FABP基因;SNPs;等位基因频率;生物信息学

摘要：

采用生物信息学方法从分子水平对甘肃黑猪H-FABP基因编码蛋白质的功能和性质进行分析。采用DNA池和直接测序技术对甘肃黑猪H-FABP基因进行SNPs快速筛查及其编码区蛋白质功能预测。结果表明,甘肃黑猪H-FABP基因编码区全长402 bp,编码133个氨基酸残基,共检测出4个SNPs,分别为C~(734)T-Intron1、T~(152)C-Exon2、G~(30)A-Intron2、T~(121)G-Intron2,其中T~(152)C-Exon2为错义突变,氨基酸由原来的异亮氨酸(Ile)转变为苏氨酸(Thr)。生物信息学预测发现,甘肃黑猪H-FABP蛋白是一种稳定的亲水蛋白,蛋白质二三级结构均以β-折叠为主的混合型蛋白。

译名：

H-FABP gene cloning,SNPs screening and bioinformatics analysis in Gansu black pig

作者：

NONG Weilun;BI Yingjie;LI Hongxu;ZHANG Li;College of Life Science and Engineering,Northwest Minzu University;

关键词：

Gansu black pig;;H-FABP gene;;SNPs;;allele frequency;;bioinformatics

摘要：

This study uses bioinformatics method to analyze the function and property of H-FABP gene encoding protein of Gansu black pig.DNA pooling and direct sequencing techniques were used for SNPs rapid screening and the function prediction of H-FABP protein of Gansu black pig.The results showed that the CDS region of H-FABP gene in Gansu black pig was 402 bp,encoding 133 amino residues,4 SNPs in CDS region including C~(734)T-Intron1,T~(152)C-Exon2,G~(30)A-Intron2 and T~(121)G-Intron2.Among them,T~(152)C-Exon2 was a missense mutation,and the amino acids were converted from threonine(Ile)to threonine(Thr).The bioinformatics prediction showed that H-FABP protein of Gansu black pig was a stable hydrophilic protein,and the secondary structure and tertiary structure were mixed protein mainly withβ-fold.

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