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Position: Home > Articles > Identification of molecular markers of nine Xanthium weed plants based on transcriptome analysis Journal of Plant Protection 2021 (6) 1488-1495

基于转录组分析的九种苍耳分子标记筛选和鉴定

作  者：
王书平;梅洋;傅怡宁;田雯;蒋费涛;李昂;张宁;王寅鹏;印丽萍
单  位：
江阴海关;浙江大学农业生物与技术学院;上海海关动植物与食品检验检疫技术中心;天津市北辰区生态环境保护综合行政执法支队;上海海关动植物检疫处
关键词：
苍耳;快速鉴定;简单重复序列;特异性序列
摘  要：
为实现我国非重要的检疫性杂草——苍耳属Xanthium杂草快速高效的分子鉴定,利用Illumina二代测序平台对白苍耳X. albinum、意大利苍耳X. italicum、直刺苍耳X. ripicola、刺苍耳X.spinosum、柱果苍耳X. cylindricum、宾州苍耳X. pennsylvanicum、蝟实苍耳X. echinatum、苍耳X. sibiricum和北美苍耳X. strumarium共9种苍耳属杂草进行转录组测序,获得的unigene序列数分别为103 362、93 506、87 452、83 822、70 994、66 397、57 598、57 164和57 134个。利用生物信息分析方法对9种苍耳属杂草转录组进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)和物种间的特异性序列预测和筛选。经过PCR试验验证,筛选获得了可以有效鉴定上述9种杂草的6对SSR引物和13对特异性引物,提高了苍耳属杂草鉴定的准确率。
译  名：
Identification of molecular markers of nine Xanthium weed plants based on transcriptome analysis
作  者：
Wang Shuping;Mei Yang;Fu Yining;Tian Wen;Jiang Feitao;Li Ang;Zhang Ning;Wang Yinpeng;Yin Liping;Technical Center of Shanghai Customs for Inspection and Quarantine of Animals,Plants and Foods;College of Agriculture & Biotechnology, Zhejiang University;Jiangyin Customs;Detachment of Tianjin Beichen District for Comprehensive Administrative Enforcement of Law for Ecological and Environmental Protection;Division of Animal and Plant Quarantine,Shanghai Customs District;
关键词：
Xanthium;;rapid molecular detection;;simple sequence repeat(SSR);;specific sequences
摘  要：
In order to achieve rapid and efficient molecular identification of Xanthium spp., the important quarantine weeds in China, transcriptome sequencing of nine species of Xanthium weeds, including X. albinum, X. italicum, X. ripicola, X. spinosum, X. cylindricum, X. pennsylvanicum, X. echinatum, X.sibiricum and X. strumarium, were performed and generated 103 362, 93 506, 87 452, 83 822, 70 994,66 397, 57 598, 57 164 and 57 134 unigenes, respectively. Simple sequence repeat(SSR) and specific sequences in each species were predicted and annotated by bioinformatics analysis. Six pairs of SSR primers and 13 pairs of specific primers were verified by PCR for identifying the above nine weeds,which improved the accuracy of identification.

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